直枝理树与其青梅竹马的朋友们枣恭介、枣铃、井之原真人、宫泽谦吾一起过着全寄宿制的高中生活。他们曾于小时候结成一个所谓与恶势力作斗争并号称“正义的使者”的队伍，名叫“Little Busters”。这样的日子使理树渴望与伙伴们能够永远持续下去。

有一天，“Little Busters”首领三年级的恭介从就职活动中回来，并且说为了挥洒青春的光彩就提议要组成一个棒球队伍，队名沿用“Little Busters”，想和从前一样再热闹地玩一次。为了凑齐打棒球的人数，恭介让理树他们开始招募队员。

不久以后，理树和铃在一只被恭介取名为“列侬”的猫身上找到一张纸条，上面有这样的讯息：“请找出这个世界的秘密“