在一个充满神秘及信仰的西亚小国－“克莱因王国”，那是一个不需要律师的国家，一切的审判都由该国的姬巫女­­­－“蕾法·帕德玛·克莱因”的“御魂托宣”来判决。某日，成步堂龙一因去拜访在该国修行、且很久不见的助理“绫里真宵”而前往克莱因王国。但在他抵达该国时，他的观光向导兼见习僧侣“伯克特·兹亚尼”却因杀人罪而入狱。成步堂龙一为了替他的向导洗刷冤屈，以及无法接受该国不需要律师，站上了异国的法庭。在克莱因王国中，成步堂龙一将会遇见。留在日本的王泥喜法介及希月心音则将与来自克莱因王国的检察官－“那由他·萨德玛迪”于法庭中对决。

《逆转裁判6》的法庭部分中追加了“御魂讬宣”的新系统。影像中会反映出死者几秒前的记忆，包含五感（视觉、味觉、嗅觉、触觉、听觉）。玩家就要从影像中找出与证词矛盾的五感。此外于《逆转裁判5》追加的新系统“心理分析”及于《复苏的逆转》、《逆转裁判2》、《逆转裁判3》、《逆转裁判4》的“心灵枷锁”、《逆转裁判4》的“看穿”和“科学搜查”系统将于本作中再次登场。